Cette semaine un nouveau cas intéressant au labo. On est Vendredi, il est 15h et le bactec (automate pour les hémocultures) détecte un flacon positif: il s'agit d'un flacon aérobie prélevé à 7heures ce jour.(Le flacon anaérobie correspondant sortira positif 3 heures plus tard. Je réalise une coloration de Gram:
A la vue de ce Gram je réalise un état frais sur ce flacon d'hémoculture:
A la vue de ce Gram je réalise un état frais sur ce flacon d'hémoculture:
Bacille à Gram négatif
par jean-jean1
Quelle est cette bactérie?
Vous avez trouvez? Non?
Avant de donner la réponse, je voudrais décrire comment j'aborde une hémoculture positive. En effet une bactériémie ou une septicémie ce n'est pas rien et l'identification du germe responsable doit être parfaitement réalisée.L'examen direct est encore ici primordial.
Le but du " jeu"(car pour moi c'est un jeu et l'on est toujours plus efficace en jouant !) est d'identifier la bactérie.Le nombre de bactéries possible est énorme et il ne suffit pas d'ouvrir simplement le flacon et de faire une coloration de Gram.Il faut être a l'affût du moindre renseignement pour réduire le champs des bactéries possibles. Par exemple s'agit -il d'un facon aéro ou anaérobie?(si 2 ou 3 flacons aérobies sortent sans les flacons anaérobies correspondants on peut raisonnablement penser qu'il s'agit d'un germe aérobie strict genre pseudomonas par exemple).A l'inverse si ceux sont 2 ou 3 flacons anaérobies ce sera probablement des anaérobies.
Cela étant dit on doit également se demander de quel service vient ce flacon d'hémoculture.S'il s'agit d'urologie on s'oriente sans doute vers des bactéries du genre entérobactérie,entérocoque,staphylocoque...,s'il s'agit de digestif peut être une hémoculture polymicrobienne avec des anaérobies... etc etc.Cela peu être tout autre chose bien sûr(j'entend déjà les protestations de certains!!) mais par expérience c'est souvent le cas.La dernière question que l'on doit se poser avant d'ouvrir le flacon est de quand date l'hémoculture?
Revenons à notre hémoculture.
Il s'agit donc d'un flacon aérobie provenant des urgences et en regardant dans l'informatique la patiente n'a eu que 3 hémocultures comme prélèvements. Donc de ce côté là pas de renseignements.
L'hémoculture date du matin même et comme le labo est décentralisé pour raisons de travaux,le flacon s'est "promené" certainement avant d'être mis au chaud dans l'étuve.Cela veut dire qu'il s'agit d'un germe à croissance rapide. Donc pour moi ,à "vue de nez" il ne s'agit pas de Pseudomonas, ni de staphylocoque.J'imagine un bacille à Gram négatif genre entérobactérie peut être...?
J'ai donc cela en tête en m'installant au microscope.
Le Gram montre un bacille à Gram négatif mais c'est sa forme qui me pose problème: un bacille trapus courbe un peu comme une banane tordue.Ce n'est pas une entérobactérie. La première idée qui me vient est un vibrion! par élimination. Mais non ici à Paris?Qui dit Vibrio dit bactérie extrêmement mobile. La mobilité est confirmée. Et quelle mobilité: ça part dans tous les sens et à quelle vitesse!
Une discussion commence autour du microscope comme d'habitude et les avis sont très partagés: un Campylobacter peut être, non!non! un Pseudomonas? ouais? un Aeromonas peut être mais pas un Vibrio à Paris en cas isolé!
On contacte aussitôt l'unité mobile de bactério qui se deplace dans les services pour obtenir des infos cliniques et proposer éventuellement un traitement antibiotique.
A leur retour au labo, les éléments cliniques sont claires: aucune notion de voyage pour une femme immunodéprimée ayant un cancer du pancréas. Donc il est évident qu'un Vibrio est presque impossible et là j'ai un petit moment de solitude, car je ne vois pas autre chose.
J'ensemence donc l'hémoculture sur gélose au sang, sur Drigalski, je fais un antibiogramme direct avec une galerie Api en parallèle.
Le lendemain matin je sors de l'étuve mes boîtes:
Vous avez trouvez? Non?
Avant de donner la réponse, je voudrais décrire comment j'aborde une hémoculture positive. En effet une bactériémie ou une septicémie ce n'est pas rien et l'identification du germe responsable doit être parfaitement réalisée.L'examen direct est encore ici primordial.
Le but du " jeu"(car pour moi c'est un jeu et l'on est toujours plus efficace en jouant !) est d'identifier la bactérie.Le nombre de bactéries possible est énorme et il ne suffit pas d'ouvrir simplement le flacon et de faire une coloration de Gram.Il faut être a l'affût du moindre renseignement pour réduire le champs des bactéries possibles. Par exemple s'agit -il d'un facon aéro ou anaérobie?(si 2 ou 3 flacons aérobies sortent sans les flacons anaérobies correspondants on peut raisonnablement penser qu'il s'agit d'un germe aérobie strict genre pseudomonas par exemple).A l'inverse si ceux sont 2 ou 3 flacons anaérobies ce sera probablement des anaérobies.
Cela étant dit on doit également se demander de quel service vient ce flacon d'hémoculture.S'il s'agit d'urologie on s'oriente sans doute vers des bactéries du genre entérobactérie,entérocoque,staphylocoque...,s'il s'agit de digestif peut être une hémoculture polymicrobienne avec des anaérobies... etc etc.Cela peu être tout autre chose bien sûr(j'entend déjà les protestations de certains!!) mais par expérience c'est souvent le cas.La dernière question que l'on doit se poser avant d'ouvrir le flacon est de quand date l'hémoculture?
Revenons à notre hémoculture.
Il s'agit donc d'un flacon aérobie provenant des urgences et en regardant dans l'informatique la patiente n'a eu que 3 hémocultures comme prélèvements. Donc de ce côté là pas de renseignements.
L'hémoculture date du matin même et comme le labo est décentralisé pour raisons de travaux,le flacon s'est "promené" certainement avant d'être mis au chaud dans l'étuve.Cela veut dire qu'il s'agit d'un germe à croissance rapide. Donc pour moi ,à "vue de nez" il ne s'agit pas de Pseudomonas, ni de staphylocoque.J'imagine un bacille à Gram négatif genre entérobactérie peut être...?
J'ai donc cela en tête en m'installant au microscope.
Le Gram montre un bacille à Gram négatif mais c'est sa forme qui me pose problème: un bacille trapus courbe un peu comme une banane tordue.Ce n'est pas une entérobactérie. La première idée qui me vient est un vibrion! par élimination. Mais non ici à Paris?Qui dit Vibrio dit bactérie extrêmement mobile. La mobilité est confirmée. Et quelle mobilité: ça part dans tous les sens et à quelle vitesse!
Une discussion commence autour du microscope comme d'habitude et les avis sont très partagés: un Campylobacter peut être, non!non! un Pseudomonas? ouais? un Aeromonas peut être mais pas un Vibrio à Paris en cas isolé!
On contacte aussitôt l'unité mobile de bactério qui se deplace dans les services pour obtenir des infos cliniques et proposer éventuellement un traitement antibiotique.
A leur retour au labo, les éléments cliniques sont claires: aucune notion de voyage pour une femme immunodéprimée ayant un cancer du pancréas. Donc il est évident qu'un Vibrio est presque impossible et là j'ai un petit moment de solitude, car je ne vois pas autre chose.
J'ensemence donc l'hémoculture sur gélose au sang, sur Drigalski, je fais un antibiogramme direct avec une galerie Api en parallèle.
Le lendemain matin je sors de l'étuve mes boîtes:
La gélose Drigalski
La gélose au sang
La galerie Api 20 E
La galerie Api 20 E Je fais tout de suite une recherche de l'oxydase: elle est immédiatement positive.
L'identification de cette bactérie est donc faite :il s'agit très certainement de Vibrio Cholerae.
(Je vous entend déjà me dire comment avez vous sorti ce nom dès le Gram ? C'était au hazard? Comment pouvoir le deviner?
En fait il n'y a aucun mystère à celà. En réalité j'ai vu un Vibrio cholerae une seule fois. Pour l'atlas de bactério. on avait besoin d'une lame de selles cholériques. Le Dr. Goldstein avait demandé au Dr J. Mokhbat de l'hopital St Georges à Beyrouth de nous en faire parvenir une . J'avais passé beaucoup, beaucoup de temps sur cette lame pour la photographier en long, en large et en travers... et là 2 choses m'avaient frappé: d'abord le Gram de cette selle:on aurait pensé à un bouillon de culture pure de bacille à Gram négatif; et la seconde c'était la forme, oui la forme du bacille: un bacille trapus (et non fin comme je le pensais jusqu'alors) incurvé et tordu, et j'ai toujours gardé cette image en mémoire)
Mais au fait une autre question se pose: d'où vient ce vibrion cholérique ?
L'unité mobile du labo de bactériologie retourne donc chercher des infos auprès de la patiente. Dans le même temps le biologiste appelle le centre de référence des vibrions à l'Institut Pasteur pour avoir plus de renseignements et la souche est expédiée en urgence à ce même centre pour un sérotypage.
Le réservoir du Vibrio est l'eau et il existe un grand nombre de vibrions différents. On apprend que l'espèce Vibrio cholerae peut se diviser en 2 groupes (pour faire simple!):
- le vibrion cholérique (hautement pathogène)
- le vibrion cholérique non toxinogène appelé vibrion non cholérique. (le sérotypage de notre souche confirmera l'appartenance à cette deuxième catégorie et qu'il existe en France 4 à 5 cas par an.
L'unité mobile revient au labo et nous informe que la patiente "adore"manger les grosses crevettes et qu'elle en achète trés, trés régulièrement chez le même fournisseur sur le marché!
Et voila! (malheusement on avait plus de reste de crevette pour rechercher notre vibrion)
Et il est plus que probable que si cette patiente n'avait pas été immunodéprimée, elle n'aurait jamais fait sa septicémie à Vibrio cholerae
L'identification de cette bactérie est donc faite :il s'agit très certainement de Vibrio Cholerae.
(Je vous entend déjà me dire comment avez vous sorti ce nom dès le Gram ? C'était au hazard? Comment pouvoir le deviner?
En fait il n'y a aucun mystère à celà. En réalité j'ai vu un Vibrio cholerae une seule fois. Pour l'atlas de bactério. on avait besoin d'une lame de selles cholériques. Le Dr. Goldstein avait demandé au Dr J. Mokhbat de l'hopital St Georges à Beyrouth de nous en faire parvenir une . J'avais passé beaucoup, beaucoup de temps sur cette lame pour la photographier en long, en large et en travers... et là 2 choses m'avaient frappé: d'abord le Gram de cette selle:on aurait pensé à un bouillon de culture pure de bacille à Gram négatif; et la seconde c'était la forme, oui la forme du bacille: un bacille trapus (et non fin comme je le pensais jusqu'alors) incurvé et tordu, et j'ai toujours gardé cette image en mémoire)
Mais au fait une autre question se pose: d'où vient ce vibrion cholérique ?
L'unité mobile du labo de bactériologie retourne donc chercher des infos auprès de la patiente. Dans le même temps le biologiste appelle le centre de référence des vibrions à l'Institut Pasteur pour avoir plus de renseignements et la souche est expédiée en urgence à ce même centre pour un sérotypage.
Le réservoir du Vibrio est l'eau et il existe un grand nombre de vibrions différents. On apprend que l'espèce Vibrio cholerae peut se diviser en 2 groupes (pour faire simple!):
- le vibrion cholérique (hautement pathogène)
- le vibrion cholérique non toxinogène appelé vibrion non cholérique. (le sérotypage de notre souche confirmera l'appartenance à cette deuxième catégorie et qu'il existe en France 4 à 5 cas par an.
L'unité mobile revient au labo et nous informe que la patiente "adore"manger les grosses crevettes et qu'elle en achète trés, trés régulièrement chez le même fournisseur sur le marché!
Et voila! (malheusement on avait plus de reste de crevette pour rechercher notre vibrion)
Et il est plus que probable que si cette patiente n'avait pas été immunodéprimée, elle n'aurait jamais fait sa septicémie à Vibrio cholerae
